Ugdymo procesas prasideda rugsėjo 1 d., pamokas pagal ugdymo planą centro 6-11 klasių mokiniai baigia gegužės 31 d., 12-ųjų klasių mokiniai – gegužės 24 d.
Centras dirba penkias dienas per savaitę. Stacionarios klasės 6-7 jungtinė, 8, 9, 10 , 11 A humanitarinių mokslų krypties, 11 B humanitarinių mokslų krypties, 11 C socialinių mokslų krypties, 12 A humanitarinių mokslų krypties, 12 B socialinių mokslų krypties, 12 C humanitarinių mokslų krypties, 12 D socialinių mokslų krypties, 12 tiksliųjų mokslų krypties dirba pirmadieniais, antradieniais, trečiadieniais, ketvirtadieniais, penktadieniais. Neakivaizdinės klasės 12 E humanitarinių mokslų krypties 12 F socialinių mokslų krypties, 12 H socialinių mokslų krypties, 12 gamtos mokslų krypties dirba du kartus per savaitę: pirmadieniais ir trečiadieniais. 10 B, 11 D humanitarinių mokslų krypties, 11 E socialinių mokslų krypties, 11 gamtos mokslų krypties neakivaizdinės klasės dirba du kartus per savaitę: antradieniais ir ketvirtadieniais.
2010-2011 mokslo metais ugdymo procesas vyks dviem pamainom. Ryte pamokos vyks 11 B, 11 C, 12 C, 12 D klasėse.

Per mokslo metus dešimt ugdymo proceso dienų skiriama kultūrinei, meninei, pažintinei, kūrybinei, sportinei, praktinei, socialinei, prevencinei veiklai. Jos metu vykdomos kultūros paveldo, meninės, socialinės veiklos, profesinio informavimo, karjeros planavimo ir prevencinės programos bendradarbiaujant su regiono muziejais, biblioteka, kultūros centru ir kitomis įstaigomis.
Mokiniams skiriamos Kalėdų atostogos – nuo gruodžio 23 d. iki sausio 5 d., Velykų atostogos – nuo balandžio 18 d. iki balandžio 22 d.
Mokslo metai pagal pagrindinio ir vidurinio ugdymo programą skirstomi pusmečiais. Pusmečių trukmė nustatoma tokia (2010-09-01 direktoriaus įsakymas Nr. 1V-32):
 I pusmetis: rugsėjo 1 d. – sausio 14 d.
II pusmetis: sausio 17 d. – gegužės 31 d. (6-11 klasių mokiniams);
                                           gegužės 24 d. (12 klasių mokiniams).

Užsiėmimų organizavimo laikas:

                          Rytinė pamaina                                              Vakarinė pamaina
0. pamoka:           8.10 –   8.55                         0. pamoka:         16.00 – 16.45
1. pamoka:           9.00 –   9.45                         1. pamoka:         16.50 – 17.35
2. pamoka:           9.50 – 10.35                         2. pamoka:         17.40 – 18.25
3. pamoka:         10.40 – 11.25                         3. pamoka:         18.30 – 19.15
4. pamoka:         11.45 – 12.30                         4. pamoka:         19.20 – 20.05
5. pamoka:         12.35 – 13.20                         5. pamoka:         20.10 – 20.55
6. pamoka:         13.25 – 14.10                         6. pamoka:         21.00 – 21.45